Spolupráce s praxí je na JU rozvíjena konkrétně podle typu studijních programů (profesně, resp. akademicky orientované), mnohem větší důraz na spolupráci s praxí při uskutečňování studijních programů je kladen na profesně pojaté programy. Konkrétně ZF JU spolupracuje s řadou podniků působících v oblasti zemědělství a blízkých oborech, z nichž je možno uvést například následující: AGROZET České Budějovice, a.s., AGROSOFT Tábor, s.r.o., Möller, s.r.o., ISOTHERM s.r.o. Jaderná elektrárna Temelín, Lyckeby Amylex a.s., Hemp Production s.r.o., EGT System spol. s r.o., dále zemědělská družstva (ZD Krásná Hora, a.s., ZD Opařany, AGRA Březnice a.s., ZD Pluhův Žďár, Zemědělské služby Dynín, a.s. a další), Farmtec, a.s., CBS genetics s.r.o., Moravoseed, Oseva Seeds, DSV Lippstadt a další. S řadou těchto podniků realizuje ZF JU společné vědecko-výzkumné projekty, které byly také podpořeny z různých grantových programů a ve kterých mají podniky nemalou finančních spoluúčast na úhradě uznatelných nákladů. Důležitou kapitolou je pak vedlejší hospodářská činnost, v rámci které si podniky zadávají u ZF JU konkrétní zakázky (analýzy, rozbory, specializovaná měření, atp.), které jsou často také podporovány z různých dotačních titulů (např. inovační vouchery Jihočeského kraje, programy OP PIK Ministerstva průmyslu a obchodu atp.). Zástupci podniků jsou zváni do komisí pro SZZ, často jsou oponenty kvalifikačních prací, podílejí se na výuce formou přednášek nebo materiálně – zapůjčením biologických vzorků, zemědělské techniky, jsou členy Rady garanta studijního programu atp. Studenti mohou ve vybraných výše uvedených podnicích konat studentské praxe.
útulek české Budějovice